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🦀 ClawHub

species_identification_sequence_blast_annotation_tool

by @zd200572

提供基于BLAST的FASTA序列和OTU表Top ASV的物种注释，支持映射文件、延迟设置和断点续传功能。

Versionv1.0.0
Downloads818
#legal
TERMINAL
clawhub install blast-species-identification

📖 About This Skill

BLAST 物种注释工具技能

描述

提供BLAST物种注释工具的使用指南和快速调用功能。包含两个主要工具：

  • blast_annotation_tool.py - 对指定FASTA序列进行BLAST注释
  • top_asv_blast.py - 从OTU表提取Top ASV并进行BLAST注释

    • 安装依赖

    pip install biopython

    工具一：blast_annotation_tool.py

    基本用法

    # 基本用法：输入FASTA文件和输出目录
python3 blast_annotation_tool.py sequences.fasta results/
    使用序列ID到样本名的映射文件
    
python3 blast_annotation_tool.py sequences.fasta results/ --mapping mapping.csv
    跳过已存在的结果（断点续传）
    
python3 blast_annotation_tool.py sequences.fasta results/ --skip-existing

    参数说明

  • input: 输入FASTA文件路径 (必填)
  • output: 输出目录路径 (必填)
  • --mapping, -m: 序列ID到样本名的映射文件 (CSV格式)
  • --delay, -d: 每次BLAST请求之间的延迟秒数 (默认: 3)
  • --hits, -n: 每个样本保留的BLAST hits数量 (默认: 10)
  • --skip-existing, -s: 跳过已存在的结果文件 (默认: False)

    • 工具二：top_asv_blast.py

    基本用法

    # 基本用法
python3 top_asv_blast.py taxa_table.xls rep.fasta results/
    跳过已存在的结果（断点续传）
    
python3 top_asv_blast.py taxa_table.xls rep.fasta results/ --skip-existing
    自定义参数
    
python3 top_asv_blast.py taxa_table.xls rep.fasta results/ --delay 5 --hits 20

    参数说明

  • otu_table: OTU表文件 (.xls, .tsv, .csv) (必填)
  • fasta: 代表性序列FASTA文件 (必填)
  • output: 输出目录路径 (必填)
  • --top-n, -n: 每个样本提取前N个ASV (默认: 1)
  • --delay, -d: 每次BLAST请求之间的延迟秒数 (默认: 3)
  • --hits: 每个ASV保留的BLAST hits数量 (默认: 10)
  • --skip-existing, -s: 跳过已存在的结果文件 (默认: False)

    • 输入文件格式

    FASTA文件

    >ASV1
TAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAG...
>ASV2
TAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAG...

    映射文件 (可选)

    CSV格式，第一列为序列ID，第二列为样本名： 
    ASV1,D1-8
ASV2,J2-8
ASV3,D3-8

    OTU表格式

  • 第一列：ASV/OTU ID
  • 中间列：样本序列计数（支持重复样本自动合并）
  • 最后一列：Taxonomy注释

    • 输出文件

  • 每个样本的BLAST结果CSV文件
  • 汇总表 (blast_summary.csv)
  • Top ASV信息表 (top_asv_info.csv)

    • 注意事项

    1. 需要网络连接访问NCBI BLAST服务 2. 每次比对可能需要几秒到几十秒 3. 建议使用--delay参数避免请求过于频繁 4. 使用--skip-existing可实现断点续传

    快速调用

    当您需要进行BLAST物种注释时，只需说：

  • "使用blast注释工具"
  • "运行top asv blast"
  • "BLAST物种注释指南"

    • 我会为您提供详细的参数说明和使用方法。